世界工会联合会以全世界劳动人民的名义对阿根廷政府粗暴镇压罢工铁路员工的行为表示极端愤慨。这次罢工使庇隆党领导人的威信大大下降，促使庇隆党开始分化，最先进的工人都同庇隆分子领导人断绝了关系，庇隆政府失去了工人阶级的支持。
1950年7月，在罗萨里奥举行了反对政府向朝鲜派遣阿根廷士兵参战的反战大游行。1953—1954年，发生了6600多名化学工人的罢工，1954年5月21日，1.7万名冶金工人举行了声势浩大的总罢工，并在各工厂成立了包括共产党人、庇隆分子、社会党人和激进党人在内的工人代表联合委员会，同时选出了中央罢工委员会。从此庇隆政府又失去了冶金工人工会长期以来的支持，阿根廷的政局越来越不稳定。随着工人阶级罢工运动的不断高涨，反对庇隆政府的右翼反动集团、教会上层分子和军人亦趁机进行叛乱活动。在总统夫人去世后，教会与政府间的矛盾公开暴露出来，庇隆和他的政府成员被梵蒂冈开除教籍，从而更加深了政府的政治危机。
军事政变
1954年6月16日，阿根廷的一支海军部队发动了反政府叛乱。叛军将军舰开进首都港湾，并炮击布宜诺斯艾利斯。当时，阿根廷劳工联合会曾号召工人起来反抗，保卫庇隆政府。然而，庇隆政府却让工人放下武器，各自回家。庇隆政府一方面害怕引起全军叛变，另一方面又害怕民众积极参加同反动派的斗争会加强民主力量，破坏统治阶级的地位。由于庇隆政府犹豫不决，使叛军趁机向政府发动新的进攻。