同年五月，孔、耿二人率领剩余的士兵们来到镇江，并提前派人向皇太极报告他们到达沈阳的具体时间。皇太极听闻明将要来投奔大金，为了表现他们对此事的重视，他命令济尔哈朗（舒尔哈齐的第六子）、阿济格等人率兵前往镇江迎接，并带去两千匹马，供孔有德等部众上岸之后乘骑。可见皇太极不仅行事谨慎，处事也十分周到。正在这时候，留驻宁远、登州、旅顺的明将听闻孔、耿二人要去投金，也乘船从海上尾追而来，朝鲜也出兵助威。更巧的是，济尔哈朗等人率军也刚好赶到镇江，与明兵隔江立营。明将与朝鲜将领见金军如此强盛，顿时被这阵势吓住了，不敢轻易开战，只好悄悄撤退。孔、耿部众才得以顺利靠岸，并把携带来的大量兵器枪炮全部搬运上岸。历经各种艰难险阻，孔、耿这支庞大的队伍终于胜利来归。皇太极对孔、耿二人以礼相待、关怀备至，让他们受宠若惊。
同年六月十三，皇太极按照孔、耿二人原来的自封号，正式宣布封孔有德为都元帅，耿仲明为总兵官，并赐给敕印，其他各官也根据功劳大小进行封赏。之后，皇太极决定打破民族界限，选拔汉族中的一些优秀人才为国效力。天聪七年（1633年）七月的一天，皇太极命令分隶满洲各旗所属汉人壮丁，每十名抽一丁披甲入伍，共有1580人组成一旗汉兵，并由汉官马光远统领，旗帜为黑色，这是后金军正式建汉军旗的开始。