对存在的以上追寻，可以看作是以构成事物质料的自然物质元素为基质，把握世界的构成，从而达到对存在统一性的追寻。但从这一角度探询世界的统一性，似乎含有明显的局限性。这种局限性体现为，在把自然元素，如水、火、气等理解为世界存在的本体时，其实质上把存在的统一性问题与世界的构成问题联系在一起，这也就意味着将对世界统一性或规律性为目标的本体问题转向为科学问题。当然，历史地看，在哲学发展的过程中，哲学问题与科学问题往往交织在一起，互相影响，但科学问题终究是具体对象探究，与本体论研究本体问题不是相同的领域，尤其是本体论哲学的建构与科学知识明显有异。如熊十力认为：
本体论是究是阐明万物根源，是一切智智（一切智中最上之智，复为一切智之所从出，故云一切智智），与科学但为各部门的知识者，自不可同日而语。[15]
另外，在构成事物质料层面探询万物的基质，亦展开为一个还原的过程。所谓“还原”就是从事物已有形态向其最原始存在形态回溯，这决定了这一过程必然是一种扬弃而不是否定的过程，即在保留或存有已有事物的原型、形态或性质的前提下，从既有或完成形态向其原初形态还原。当哲学家从事物的基质出发试图建构存在的统一形态，同时也从事物的已有形态向原初形态还原时，实际上是以某种单一的存在形态代替或否定了其他事物既有或完成形态，从而达到对存在统一性的追寻。比如，中国传统哲学史上的“气”论或“精气”论，西方哲学史上的“原子论”等，均是在探寻世界的基质中，形成的具有单一形态的本体论。因为，在以“气”或“原子”作为万物的始基时，世界便被统一于“气”或“原子”，这就意味着把存在的统一性理解为一维或单向的存在形态，其依然处于存在的有限性之中。
